蔡元培后来回忆五四后突然提出辞职，是因为被拘的学生虽已保释，但“学生尚抱再接再厉的决心，政府亦且持不做不休的态度。′p,a¨o¨p^a?o¨z*w~w_.-c/o,m+都中宣传政府将明令免我职而以马其昶君任北大校长，我恐若因此增加学生对于政府的纠纷，我个人且将有运动学生保持地位的嫌疑，不可以不速去。乃一面呈政府，引咎辞职，一面秘密出京，时为五月九日”。[170]蔡元培这次出走多少有些出乎意料，因为8日晚他仍有“安慰学生之演说”。且“当时有人向之言，恐不免有人设计危及先生”，他也只以“一笑答之”，“并云如危及身体而保全大学亦无所不可”。而蔡元培“出走之事竟不与人谋”，且连“平日最亲信之人事前亦不与闻”，无怪乎当时舆论皆怀疑他是因“最大暗潮所逼迫而行”。[171]9日上午，蔡元培的留笺“已由北大油印传遍学界”[172]。这则用典古奥的启事，立即引起了各方的怀疑和猜测。为此，北大文科教授程演生特意逐字逐句做出解释，才渐渐平息事端。[173]不过，即便是能够解释清楚字面含义，也并不妨碍人们猜测启事的“言外之意”。《申报》有“杂评”就读出了蔡元培出走的“内幕”，认为“大学内部尚有难言之隐”，而且将蔡元培的留书出走与此前蔡林论战引发的“新旧之争”联系到一起，认为“暗潮之鼓荡，本非一日。+零?点~看′书? ,哽*歆_蕞¨筷+不幸此次学生事件，会逢其适”，所以，蔡元培是以一人之力“当内外交谪之冲，又焉得而不走”。[174]

13日，《晨报》曾刊出未具名之《蔡元培辞去校长之真因》的文章，实为蔡元培手笔。查蔡元培5月12日日记，有“晨，幼轩去，携去辞职真因一函”[175]的记录。当时各方情势未定，他不便出来说话，此文当是其以另一种方式发表的声明。文中除详述蔡元培出走前的内幕外，还提及了五四后政府已有更换北大校长的决定，辞职是欲“一面保全学生，一面又不令政府为难，如此始可以保全大学，在我可谓心安理得矣”。[176]蔡元培本意或许只是为突然出走向学界做一非正式交代，但文中屡次提及的政府“有焚毁大学暗杀校长之计划”“更换北京大学校长”等语，却正好坐实了蔡元培被迫辞职出走的传言。

蔡元培辞职的第二天，马叙伦、李大钊、马寅初等人就代表北大教职员到教育部请愿，表示如果蔡元培不留任，北大教职员“即一致总辞职”。′顽~夲·鰰·颤~ ′首~发~11日，北大教职员会发起组织了北京中等以上学校教职员会联合会，“再联成一气”，一致认为“蔡之能挽回与否，非校长之去留问题，与教育及外交前途均有关系”，“如至无法转圜之时则亦唯有罢课之一法。倘政府以学生罢课为不足惜，则即自行全体解散，各校决取一致行动”，誓与北大同进退。[177]同日，天津学界联合会成立，宣布与北京学生一致行动。[178]12日，新成立的上海学联亦致电北京教育部，称：“蔡先生学界泰斗，自长大学，全国交庆得人，今犯何罪，欲加撤换？务望毅力主持，毋使奸人得逞，否则全国青年将起为大学学生后盾。”[179]接着，上海学联又发表宣言，再次详述反对撤换蔡元培的理由：“方今国中恶劣之空气充满四隅，惟赖青年学者除旧布新，发聋振聩，以期进与世界之新文明携手。蔡先生文章道德中外推崇，自长大学，全国学界始有发皇振厉之气。乃一二顽冥奸佞之徒，竟不容思想界有一线生机，竟不容世界潮流有一分输入。夫蔡先生去，则大学虽存犹死；大学死，则从此中国之学术界思想尽入一二有权威者掌握之中，而学界前途遂堕于万劫不复之境。岂惟蔡先生一人、北京大学一校之关系，中华将来之文明，实将于此决其运命。学生等一息犹存，不能坐视学术之日即沦亡而不救。”[180]江苏省教育会、浙江省教育会、全国和平联合会等组织机构接连致电国务院、教育部，请求挽留蔡元培。[181]在时人眼中，挽留蔡元培已不再是北大一校之事，而是全国青年、全国学界的大事；蔡元培能否出长北大也被视为学界与思想界生死存亡的关键。

在当时北大内外交困的情况下，一面是政府消极敷衍的态度，一面是全国学界积极有力的支持，北大全体师生更是因此而激荡起抗争的决心，13日晚，北大评议会与教授主任会召开联席会议，商量维持大学之法。会议一致认为，“蔡校长此时虽不在校，而蔡校长之精神犹在，蔡校长年来所苦心创建之种种组织犹在”，誓要“竭力维持蔡校长年来所苦心经营之大学”。[182]