恐怕最能了解北大内部众人的心态。作为旁观者，傅斯年或许还能冷静分析，而处于旋涡之中的蔡元培顾虑就更多。或是感于北大学生热情邀请，或是不愿见北大校务一蹶不振，蔡元培最终允诺九个月后“若无特殊阻力”便回北大。[210]9月10日，行政院第三十七次会议议决任命蔡元培为国立北京大学校长，未到任前由陈大齐代理。[211]

其实早在7月底就已经传出消息，会请蔡元培出长北大。当时，因李石曾与李书华均表示坚决不就北大校长之职，教育部长蒋梦麟在与李石曾、蔡元培、易培基、吴稚晖等人会商之后做出决定。[212]这之后的一个月，迟迟未见正式命令发表，说明蔡元培自己也还在犹豫。早在7月，当傅斯年得知蔡元培有意长校时，就曾致电劝阻：“必于经费、人才办法皆得解决，方孚众望。若但挂名，由人盘踞把持，大损盛名，且事恐不可收拾。”[213]8月底，傅斯年再次致函蔡元培讨论北大校长之事，说明蔡当时尚未下定决心。傅斯年在信中以“蔡先生不来，北大没有办法；蔡先生来，蔡先生没有办法”来概括当时的窘境，并细致分析道：