乾隆四十七年（1782年）五月，福康安奏蜀中“匪徒”已戢。八月，福康安即擢为御前大臣，加太子太保，次年命来京署工部尚书，五月，又授为总管銮仪卫大臣、阅兵大臣、总管健锐营事务。

乾隆四十九年（1784年）三月，福康安再擢而为兵部尚书、总管内务府大臣。福康安因其军功，受到乾隆的宠信和重用，不断加官晋职，成为声名显赫的朝廷重臣。

平定民变

甘肃的回族事件继

发于撒拉族民变之后，由田五等人团结固原州、通渭一带回民，在甘肃通渭北六十里的石峰堡修筑营寨，于乾隆四十九年（1784年）四月在盐茶厅小山地方起事，并向西北进军，但攻靖远、会宁不下，田五又于作战中死亡，遂折向东南，与通渭的回民一道攻通渭城。

西安副都统明善率军与回军交战，清军陷入埋伏圈，全军千余人均覆没，明善亦毙命。在紧急形势之下，清廷急忙重瓤组织兵力，命福康安带钦差大臣关防，驰驿以赴甘肃镇压民变，并授参赞大臣，会同将军阿桂共同任事，又任命福康安为陕甘总督。六月，福康安统兵赴隆德，进攻静宁底店，斩杀数千，攻破石峰堡，生擒张文庆等。福康安因此晋封为嘉勇侯。

鉴于甘肃一带回民习武成风，而从文应试者很少，福康安为朝廷的长治久安考虑，上奏皇帝，提出“教导回民”的善后事务，清朝在循化厅设学校，以资训迪，得到乾隆帝的赞许，学校之设，在福康安是为了驯化民众，利于统治，而对边远地区的文化教育之事必定会产生实际效用。

乾隆五十年（1785年）七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。福康安受到皇帝倚重，并被授予了相当重要的权力。

转战台湾

在甘肃发生回民事件之后，东南的台湾又爆发了领导的汉族、高山族农民的大规模-，以天地会的教义相号召，形成了强大的势力。起义者在林爽文领导下，于乾隆五十一年（1786年）与清军展开激战，连克数县。清廷命闽浙总督常青为将军前往台湾府镇压民变，两相接触，农民军处于主动地位，声势更加浩大，连常青所驻府城也处于包围之中。

常青镇压不力，乾隆又在五十二年（1787年）七月改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察同赴台湾作战。当福康安从征金川为领队大臣时，是参赞大臣海兰察的下级，这次赴台湾作战，事隔十多年，福康安竟成全军主帅，海兰察仍是参赞大臣，但福康安能谦谦自下，又善于周旋，很好地发挥了海兰察的军事才能。十一月，福康安一行渡鹿仔港(今台湾彰化西南鹿港)，登岸后，由新埤进兵，以主力进攻包围诸罗县城的农民军，双方交战至仑仔顶，农民军从竹围0而抵御，福康安令军队原地不动，自领巴图鲁侍卫冲入起义军中，起义军不幸战败。清军又攻克俾长等十余村庄，起义军-撤离诸罗。清兵追至大排竹，决溪水渡兵，焚烧了农民军的营寨。诸罗一战，福康安以扭转战局、解除城围，被封为一等嘉勇公，赏红宝石帽顶，四团龙补服，以示优异。

同年十二月，清军继续对起义军进行围剿，起义军寡不敌众，大小首领多人被俘。福康安又统兵由内山搜至打铁寮诸社，分兵堵截海口及各要隘。为防止林爽文见追急自戕，福康安密令巴图鲁侍卫十人及屯练兵数百人，改换装束，深入高山密林，终于在乾隆五十三年（1788年）正月，于老衙崎俘获林爽文。林爽文被解往京师后，慷慨就义。

前此诸罗被围之际，福州将军恒瑞在盐水港(今台湾台南县西北盐水镇)观望迁延，拥兵不救，请朝廷另派援兵。乾隆知情后遂命福康安-恒瑞，问其妄请添兵，摇惑军心之罪，但福康安并未问及此事，而且在奏疏中为恒瑞多方开脱，称他打仗奋勉，仍请将恒瑞留于军营。乾隆五十三年（1788年）正月，乾隆帝严厉责备福康安袒护亲戚，本想从重治罪，但因平定林爽文有功，从宽免其深究，只传旨严行申饬。等到福康安俘获林爽文本人之后，乾隆帝念其军功，仍亲解佩囊赐与福康安。

林爽文失败以后，福康安于乾隆五十三年（1788年）二月继续督兵赴南路镇压农民军余部，将农民军追至台湾最南端的郎峤，水陆并发，将南路起义军首领庄大田俘获。至此，台湾的农民军被全部镇压下去。

清廷以福康安为主帅，成功地镇压了台湾林爽文的起事，有效地维护了封建统治秩序，福康安因此再次受到乾隆帝表彰，上谕称他“用心周密，真能不负任使。“赏黄腰带、紫辔缰、金黄辫、珊瑚朝珠等